肺炎疫情衝擊到許多大眾運輸，像是台鐵花蓮站以及才剛營運兩個月的「北花客運」，旅客運輸量都慘跌將近4成，讓業者叫苦連天申請減少班次，公路總局也訂定新規範，允許減少最多30%的車班，至於4月初的清明連假，會看民眾搭車需求做調整。

武漢肺炎越來越嚴重，不少民眾都避免搭乘大眾運輸，也讓才剛營運兩個月的北花客運路線受到嚴重衝擊，一班車甚至只剩下2名乘客。業者逼不得已減少車班，沒想到卻被投訴，影響乘車權益。業者則說正向公路總局提出減班申請。

蘇花改2020年1月6日全面通車，公路總局也核准兩條台北直達花蓮的「北花客運」，但由於花蓮當地轉運站才開始要蓋，縣府先以火車站對面的大樓作為臨時據點，方便民眾購票乘車；也保證加速「先期轉運站」工程，預估明年8月到9月間完工。