在農委會輔導下成立的台農發公司，營運至今4年多仍處於虧損狀態，對此陳吉仲接受備詢時表示這幾年來，台農發在立法院被當成「政治提款機」，但台農發要做的是改變台灣農業的結構現況，協助台灣小農進行外銷，根基奠定好才會越走越順，他也強調，今年營業額能超過一億，達到損益兩平。

中國暫停進口台灣鳳梨，蔡總統指示要成立「農業國家隊」，力拚農產品外銷。但藍營挖出2016年所成立的「台農發」，質疑成效不佳，不但累計虧損金額高達7800萬，外銷大宗依然以中國市場為主，新南向國家的成績更逐年下滑。綠營立委鍾佳濱反駁，農業新南向，不是商品貿易，而是農業技術轉移。

去年香蕉盛產，台農發為把香蕉銷往中東，每公斤香蕉只賣40元，卻自付每公斤70元的高昂運費，造成嚴重虧損，兩年來虧損高達7000萬元。讓國民黨立委林德福在財委會質詢時，要台農發大股東兆豐金好好監督自己轉投資的公司。不過農委會發布新聞稿澄清，海運平均每公斤運費為新台幣8.2元，售價約每公斤新臺幣40元，並沒有委員所稱的情形。

台灣鳳梨釋迦今年（2018年）1月首度進軍馬來西亞，不只賣相佳，口感也比當地原生品種更香甜。通路商台農發除了用喜氣包裝，還製作大大的台灣介紹看板，擺在超市最顯眼的地方積極行銷。銷售成績亮眼，讓特地從台灣來視察的農委會主委林聰賢很滿意，說有信心建立屬於台灣的鳳梨釋迦品牌。

農委會輔導成立的台農發公司，今天（10月13日）在日本東京，和日本知名蔬果商-FARMIND株式會社，簽訂《農產品採購合作備忘錄》，不只是台日農產品貿易的一大進步，雙方更喊出在5年內，台日雙向農產品採購金額要破百億日圓！