雲林崙背大排上游，因為有家庭及畜牧廢水匯流入，新虎尾溪造成汙染，4年該處設置了淨化池，水質雖有改善，但截水反造成畜牧廢水澱發酵，枯水期臭氣熏天，目前縣府先透過循環水流改善惡臭，縣府也說，養殖戶的畜牧廢水應該先處理過濾才能流入大排，徹底增進改善，治標治本。

雲林高鐵站北側新虎尾溪南岸，由於地處偏遠遭人亂倒垃圾，數量很多、種類很雜、堆積如山，原本民眾向縣環保局檢舉，但又被環保局推給第五河川局，最後才確定責任單位是水利處，已經派挖土機到場清運垃圾。