清華海峽研究院在清華大學設立新竹辦公室，引發爭議。中國國台辦發言人朱鳳蓮今日聲稱，清華海峽研究院是一家以企業化方式運作的科研機構，為推動兩岸科技交流和創新、促進兩岸融合發展發揮了積極作用。

清大校園遭對岸組織滲透，民團指出前校長吳誠文在書中自述，2013年率一級主管赴廈門，商討「清華海峽研究院」成立，並說成立目的是服務一帶一路核心區建設，還說北京清華副校長訪台時，現任校長賀陳弘親自接待，校方怎麼會不知情，對此清大發聲明駁斥，強調這是捏造事實。

具中國官方背景的「清華海峽研究院」，被媒體披露未經許可在國立清華大學內的育成大樓設立「清華海峽研究院新竹辦公室」攬才。對此，陸委會主委邱太三表示，將協助教育部查處。國立清華大學則是回應，該機構非屬清華大學，清大也未曾知悉或參與其中運作。

政治中心／徐詩詠報導中共近期頻頻派出共機擾台，私下更積極滲透台灣重要單位！傳出中共當局，利用台灣清華大學校友會、北京清華大學與中國廈門市政府所共同設立的「清華海峽研究院」，在未經許可下，在台灣清大內部設立「清華海峽研究院新竹辦公室」，違法在台從事技術研發、獵才與投資。