遠東航空17日傍晚宣布停飛峴港、長灘島、巴拉望等3條國際線航班，導致許多旅客滯留在海外，預估後續還有數千名旅客出國行程將被迫取消。另外，包括日本福島、新潟，南韓濟州島和中國天津、太原等5條航線，也將在22日起取消，事發突然也讓旅行社業者加班協助旅客，簽轉其他航班回台，初步代墊金額就高達400萬-500萬。

遠航無預警停飛三航線，表示是因為受民航局飛時控管限制影響，傳出民航局早在4月底，就已經提醒遠航注意超時問題，但遠航一直拖到5月17日才通告停飛，讓旅行社措手不及，更抱怨民航局放任不管。晚間民航局發出聲明，強調已經兩度要求遠航，要妥善處理旅客權益相關問題，否則將依法重罰60到300萬元，更重話批評遠航卸責。