劉伯恩被週刊爆料，主導馬偕醫院董事會通過成立3家公司，甚至下令醫院直接跟其中1家採購藥品。但除馬偕持股19.9%外，他與院長施壽全等人，卻是公司的大股東，涉嫌自肥。儘管劉伯恩說只是「投資」，也駁斥自肥指控，但醫改會認為，醫院享有很多稅賦優惠，不該變成控股業，呼籲衛福部介入調查，了解金流。